Ende des 19. Jahrhunderts siedelten sich katholische Industriearbeiter mit ihren Familien in Zwenkau an. 1897 wurde der erste katholische Religionsunterricht in Zwenkau erteilt. Das Gemeindeleben begann sich zu entfalten. Nach einem Vortrag des späteren Leipziger Pfarrers und Dresdner Propstes Beier fand am 24. Januar 1924 im Schützenhaus in Zwenkau eine Generalversammlung des St. Laurentiusvereins zu Zwenkau und Umgebung statt. Im gleichen Jahr wurden die ersten Gottesdienste durch Prälat Stranz im Restaurant „Sommerlust“ und im „Schützenhaus“ abgehalten. Auf Dauer waren diese Räumlichkeiten natürlich nicht der geeignete Ort für die Veranstaltungen der katholischen Gemeinde. 1926 wurde deshalb eine Sammlung für den Bau der Kirche in Zwenkau eingeleitet. Im Frühjahr 1931 war eine Summe von 40.000 Mark zusammengekommen. Bereits 1927 gelang mit Hilfe von Dr. Neubner der Kauf eines kleinen Häuschens im Großdeubener Weg 11, das in den folgenden Jahren als Pfarrhaus diente. In der Nähe des Schützenhauses war eine kleine Notkapelle entstanden, die bis 1941 genutzt wurde.

Bereits 1938 war die katholische Gemeinde zu Zwenkau zur Pfarrvikarie St. Laurentius erhoben worden. Am 12. März 1940 wurde Böhlen von Zwenkau abgetrennt und als selbstständige Pfarrvikarie errichtet. Von 1940 bis 1951 nutzte die katholische Gemeinde die evangelische Kirche in Zwenkau-Imnitz. In den Jahren des Krieges war im Pfarrhaus Großdeubener Weg 11 eine Hauskapelle entstanden, die 1947 unter Pfarrer Volknant erweitert wurde.

Während man Planungen für einen Kirchbau neben dem Pfarrhaus anstellte, gelang der Kauf des Gasthauses „Sächsischer Hof“ (ehemals „Kronprinz“) in der Marktstraße 1, da der Besitzer das Gebäude finanziell nicht halten konnte. Nach Entwürfen des Leipziger Architekten Andreas Marquart wurde der Tanzsaal des Gasthauses im Jahr 1951 zum Gotteshaus umgestaltet. Dazu mussten die Seitengalerien entfernt werden. Die hintere Galerie blieb als Empore erhalten. Der ehemalige Bühnenraum war massiv und stellte nun den Altarraum dar. Die neue Heilig-Geist-Kirche verfügte über 280 Sitzplätze. Im März 1951 konnte das neue Pfarrhaus in der Marktstraße 1 bezogen werden. Im Hofgebäude befand sich eine Werktagskapelle. Weihnachten 1951 wurde die Kirche erstmals genutzt. Am 26. April 1952 fand die Konsekration der Heilig-Geist-Kirche durch Bischof Heinrich Wienken von Meißen statt. 1955 wurde Zwenkau kanonisch errichtete Pfarrei.

In den Jahren von 1983 bis 1987 kam es zu umfangreichen Sanierungsarbeiten an der Kirche in Zwenkau. Beim Umbau des früheren Tanzsaals waren die Decken nicht mit Ringankern gesichert worden. Nun bestand die Gefahr, daß der Gemeinde die Decke auf den Kopf fallen würde. Pfarrer Martin Speck leitete anfangs die Bauarbeiten, die mit dem Abtragen des alten Daches begannen. Aufgrund der Erkrankung von Pfarrer Speck und einem Baustopp tat sich mehr als zwei Jahre lang nichts am Kirchenbau. Die Gottesdienste wurden in der als Notkirche eingerichteten Vorhalle abgehalten. Sonntags war man Gast in der evangelischen Johanniskirche auf dem Friedhof. Später konnte auch die Vorhalle wegen Umbauarbeiten nicht mehr genutzt werden. Mitten in diese Situation hinein wurde Pfarrer Ulrich Archner nach Zwenkau berufen. Gemeinsam mit dem Pfarrgemeinderat wurden am 2. September 1985 Schritte für den Weiterbau beschlossen. Am 22. Juli 1986 schrieb Pfarrer Archner in die Kirchenchronik: „Unser Ziel ist es, Weihnachten in der neuen Kirche zu feiern…“

Nach über 8000 von den Gemeindemitgliedern geleisteten Arbeitsstunden und vier Jahre andauernden Bauarbeiten mit einem riesigen materiellen und organisatorischen Aufwand fanden die Weihnachtsfeierlichkeiten 1986 wirklich in der völlig umgebauten Kirche statt. Die Altarweihe erfolgte am 31. Mai 1987 durch den Bischof Gerhard Schaffran.

Nachdem der Kirchbau abgeschlossen war, konnte man sich mehr auf das Gemeindeleben konzentrieren. Pfarrer Archner bat im Herbst 1988 aus persönlichen Gründen um Beurlaubung. Am 15. März 1989 fand feierliche Amtseinführung von Pfarrer Franz Scharfenberg statt. Die Aktivität der Zwenkauer Gemeinde hat sich nicht nur bei den freiwilligen Aufbaustunden bewährt. Zahlreiche Initiativen haben das Gemeindeleben auch für die Jugendlichen aus katholischen Familien wieder interessant gemacht. Leider musste im September 1992 das alte Pfarrhaus abgerissen werden. Die tragende Holzkonstruktion war vom Schwamm befallen. Risse durch das ganze Haus zeigten, dass die Statik nicht mehr gewährleistet war. Dank der Hilfe des Bistums und des Bonifatiuswerkes war ein Neubau möglich. Am 14. Juni 1995 feierte die Gemeinde die Einweihung des neuen Pfarrhauses.

Da Pfarrer Franz Scharfenberg im Jahre 1999 beabsichtigte, für ein Jahr nach Israel zu gehen, beendete er seine Tätigkeit in Zwenkau. Im Anschluss daran fand noch im Jahr 1999 Pfarrer Thomas Schorcht den Weg in die Gemeinde. Er ist zuständig für die katholische Gemeinden Zwenkau und Pegau. Unter seiner Leitung hat sich insbesondere die Kinder- und Jugendarbeit wesentlich erweitert. Auch die ökumenische Zusammen-arbeit mit den ortsansässigen evangelischen Gemeinden sind vertieft und das Auftreten der katholischen Gemeinde im Zwenkauer Stadtleben sind gestärkt worden.

Seit dem 1. Januar 2008 gehört die Zwenkauer und auch die Pegauer Gemeinde zur Pfarrei St. Peter und Paul Markkleeberg. Pfarrer Schorcht bleibt auch nach seinem Eintritt in den Ruhestand am 31.12.2013 im (ehemaligen) Pfarrhaus wohnen und steht so für Vertretungen noch zur Verfügung.

Am 20. Januar 2019 wird die Gemeinde Zwenkau Teil der neu gegründeten Pfarrei „St. Bonifatius Leipzig-Süd“.